Эш Кетчум и его друзья прибывают в древний город Митихи, где местные жители готовятся к столетию со дня основания. Но праздник омрачён странными происшествиями: покемоны в окрестностях впадают в необъяснимую ярость, а небо над храмом затягивают фиолетовые тучи. Вско выясняется, что причиной стала трещина во времени, открытая в подземелье храма. Эш, Пикачу и их спутники находят там загадочный камень, который оказывается осколком Легендарного Аркеуса — существа, которое, по преданиям, создало весь мир покемонов. Осколок начинает пульсировать, и перед героями возникает призрачная фигура Аркеуса, но не доброжелательная, а искажённая гневом. Выясняется, что тысячу лет назад люди предали доверие Аркеуса, и теперь его тёмная половина, вырвавшаяся из осколка, хочет уничтожить человечество, начав с Митихи. Эш должен найти способ успокоить разгневанное божество, но для этого нужно собрать все осколки, разбросанные по разным эпохам.
Путешествуя сквозь временные порталы, Эш и команда попадают в прошлое Митихи, где видят, как первые поселенцы заключили союз с Аркеусом, но затем нарушили клятву из-за страха перед его силой. В одной из эпох они встречают юного учёного, который первым обнаружил осколки и пытался их уничтожить, но погиб. В другой — старейшину, которая хранит секрет ритуала примирения. Каждый осколок открывает часть правды: Аркеус не просто мстит, он проверяет, достойны ли люди второго шанса. Кульминация происходит на вершине храма, где тёмная половина Аркеуса собирается уничтожить город ударом «Судебного суда». Эш, используя доверие и дружбу со своими покемонами, убеждает Аркеуса, что ошибки прошлого не определяют будущее. Пикачу и Легендарный покемон объединяют свои силы, чтобы очистить осколок от тьмы, и Аркеус, восстановив равновесие, исчезает, оставив людям шанс начать заново. Город спасён, но Эш понимает, что боги не прощают дважды, и теперь ответственность за мир лежит на каждом человеке.
