Готэм-сити перенесен в феодальную Японию эпохи Эдо, погрузившись в хаос под властью клана злодеев. Джокер, объединившись с Безумным Шляпником, Пингвином, Двуликим и Ядовитым Плющом, захватил контроль над городом, используя древнюю магию ниндзя. Их правление — это кошмар из крови, стали и темного колдовства, где обычные бандиты превратились в армию сверхъестественных воинов-куноичи. В этой тени, среди отчаяния, возникает фигура, столь же призрачная, сколь и легендарная. Брюс Уэйн, вернувшийся после долгих лет обучения у таинственной гильдии ниндзя Норю-Гумбатцу, становится новым воплощением возмездия — Бэт-ниндзя. Он не просто человек в костюме, а призрак, мастер иллюзий и скрытых техник, чье появление окутано туманом и страхом.
Но его враги теперь обладают силой, бросающей вызов самой реальности. Чтобы победить, Бэтмену придется выйти за пределы своих принципов и объединиться с неожиданными союзниками. К его борьбе присоединяются ловкая наездница Кэтвумен, верный оруженосец Альфред в роли мудрого мастера-кузнеца и даже сам Гордон, возглавляющий отчаянное сопротивление в качестве лидера повстанцев. Их противостояние достигает апогея в эпической битве, где сталкиваются не только мечи и сюрикены, но и сами мифологии. Бэт-ниндзя должен будет использовать все свое мастерство, чтобы противостоять окончательному злу — пробужденному демоническому дракону, в которого превратился Джокер, угрожающему уничтожить весь мир. Это испытание заставит Темного Рыцаря задаться вопросом, где проходит грань между героем и монстром в вечной войне за души.