Куд Вафтер — это история о возвращении в прошлое, которое оказалось совсем не таким, каким его помнили. Юя Кадзами, обычный старшеклассник, однажды просыпается и обнаруживает, что его город изменился. Знакомые улицы выглядят иначе, а люди, которых он знал, ведут себя странно. Самое пугающее — его младшая сестра Юри, которая всегда была рядом, исчезла. Вместо неё в доме живёт незнакомая девушка по имени Манацу, которая утверждает, что она его сестра. Юя не помнит её, но все вокруг, включая родителей, ведут себя так, будто Манацу всегда была частью семьи. Реальность начинает трещать по швам, когда Юя замечает, что время от времени город замирает, а в небе появляется огромная луна, которая словно наблюдает за ним. Он пытается разобраться в происходящем, но каждый ответ порождает лишь новые вопросы. Вскоре он понимает, что его воспоминания — это не просто провалы в памяти, а результат вмешательства некой силы, которая переписывает реальность.
По мере того как Юя погружается в расследование, он встречает других людей, которые тоже чувствуют, что мир вокруг них ненастоящий. Среди них — загадочная девушка по имени Нао, которая, кажется, знает больше, чем говорит. Она намекает, что все они застряли в петле времени, созданной их собственными желаниями и сожалениями. Юя вынужден столкнуться с правдой: его попытка изменить прошлое привела к катастрофе. Он хотел спасти Юри, но вместо этого создал мир, где она никогда не существовала, а её место заняла Манацу — проекция его чувства вины. Теперь Юя должен решить, что для него важнее: цепляться за иллюзию, где он может быть счастлив, или разрушить этот мир, чтобы вернуть настоящую сестру, даже если это означает потерять всё. Финал оставляет зрителя с горьким осознанием того, что иногда самые сильные чувства — это те, которые мы пытаемся забыть.
