Второй сезон застаёт Гауко уже не просто случайной гостьей из прошлого, а полноправной жительницей современного Токио. Она освоилась в школе, завела настоящих друзей и даже начала понимать сложный мир человеческих отношений, но её динозавриная сущность никуда не делась. Всё начинает рушиться, когда в городе появляется загадочная организация, охотящаяся на аномалии времени. Они выслеживают Гауко, и теперь под угрозой не только её свобода, но и память всех, кто её знал. Чтобы защитить одноклассников, Гауко приходится скрываться, но в одиночку выживать в мегаполисе, где каждый прохожий может оказаться агентом, почти невозможно. Параллельно выясняется, что её появление в нашем времени — не случайность, а часть древнего пророчества, связанного с исчезновением динозавров. Ключ к разгадке лежит в странных артефактах, которые Гауко начала находить ещё в первом сезоне, но тогда не придала им значения.
Сюжет набирает обороты, когда в класс приходит новенькая — тихая и замкнутая девочка по имени Рин, которая, как выясняется, тоже не совсем человек. Она обладает способностью чувствовать временные разломы и утверждает, что пришла из ещё более далёкого будущего, чтобы предупредить Гауко о катастрофе. Вместе они пытаются расшифровать послания, оставленные в артефактах, и натыкаются на шокирующую правду: организация охотится не просто за динозавром, а за ключом к перезагрузке всей временной линии. Гауко приходится сделать невозможный выбор — либо навсегда вернуться в свой родной меловой период, стерев все воспоминания о друзьях, либо остаться и рискнуть тем, что временной поток схлопнется, уничтожив и прошлое, и будущее. Финал сезона оставляет зрителя на грани: Гауко стоит на крыше небоскрёба, сжимая в руках светящийся артефакт, а над городом разверзается портал, из которого доносится рёв её сородичей.
