Второй сезон «Чёрного клевера» начинается ровно с того места, где закончился первый: Аста, лишившись магии, но получив демонический клинок, вместе с Ями и капитанами магических отрядов врывается в подземелье, где засели члены «Ока Белого Демона». Лидер секты, Патри, использует тело верховного мага Лихта, чтобы воскресить своего демона. Аста, вопреки логике и здравому смыслу, наносит удар, который расщепляет реальность, но не убивает врага. Вместо этого открывается портал в мир теней, и на Королевство Клевер обрушивается нашествие демонов. Пока рыцари сражаются с ордами низших тварей, Ями и Аста вступают в решающую битву с Патри, который раскрывает свою трагическую историю: он не злодей, а жертва векового проклятия, жаждущая мести за уничтожение своего народа эльфов. В финальной схватке Аста теряет обе руки, но пробуждает новую силу — Антимагию, которая позволяет ему поглотить демоническую энергию Патри. Эльф, осознав свою ошибку, жертвует собой, чтобы запечатать врата. Но рана на небе остаётся, и из неё выпадает тень — настоящий король демонов, который забирает тело Лихта и исчезает.
Второй сезон резко меняет тон: вместо турниров и тренировок герои сталкиваются с последствиями прорыва. Королевство Клевер оказывается на грани войны с соседним Королевством Бриз, которое обвиняет их в укрывательстве демонов. Аста, восстановивший руки благодаря магии сестры Нелл, отправляется в запретный лес вместе с Юно и новым членом отряда «Чёрные Быки» — загадочной девушкой Ванессой, чья магия пряжи способна переплетать судьбы. Параллельно раскрывается тайна происхождения Асты: он не сирота, а подкидыш из деревни, где все жители были убиты демоном. Юно узнаёт, что он — реинкарнация эльфийского принца, а его настоящий меч — это ключ к запечатыванию врат в ад. Кульминацией становится вторжение армии демонов в столицу. Капитаны магических отрядов объединяются, чтобы создать гигантский барьер, но демон-генерал Зефир пробивает его. Аста, используя новый навык — «Чёрный ураган», впервые синхронизируется с духом антимагии внутри себя. В финальной сцене он стоит на руинах замка, сжимая в руках чёрный клинок, а из тени выходит фигура, похожая на него самого, но с красными глазами. Это его демоническое альтер-эго, которое шепчет: «Ты умрёшь, если продолжишь использовать мою силу». Сезон заканчивается клиффхэнгером: Юно похищают, а на горизонте загорается багровая звезда — знак полного вторжения демонического мира.
