Старшая школа Кагурадзака снаружи выглядит как образцовое учебное заведение: строгие корпуса, ухоженная территория, ученики в идеально выглаженной форме. Но внутри царит железный порядок, установленный Советом школы. Каждое утро начинается с переклички, и если чьё-то имя не отозвалось, это значит, что ученик «выбыл» — бесследно исчез, растворился в стенах школы. Никто не знает, куда они пропадают, но все знают, что нарушение правил ведёт к «выбытию». Алиса, обычная старшеклассница, переводится сюда в середине года. Она быстро замечает странную атмосферу: ученики не смотрят в глаза, говорят шёпотом, а на уроках царит неестественная тишина. Единственный, кто выделяется — парень по имени Рен, который открыто насмехается над порядками и, кажется, знает больше остальных.
Вскоре Алиса получает загадочное приглашение от Совета школы на «особый экзамен». Она оказывается в пустом классе, где её встречает президент Совета — безупречная красавица с ледяной улыбкой. Та объявляет, что каждый ученик обязан пройти «испытание на полезность». Те, кто провалится, будут признаны «браком» и отправлены на переработку. Алиса понимает, что школа — это конвейер по отбраковке «неугодных», а исчезнувшие ученики не просто ушли, а были уничтожены. Вместе с Реном она пытается найти способ сбежать, но каждый выход заблокирован, а любая попытка бунта карается мгновенно. Чем глубже они копают, тем яснее становится, что Советом управляет не человек, а нечто, что питается страхом и послушанием. Единственный шанс выжить — перестать быть идеальной ученицей и научиться играть по правилам этого безумного мира, где каждый твой шаг может стать последним.