Второй сезон застаёт Би в руинах после событий в Альтаире. Он потерял связь с Лили, а его тело продолжает разрушаться из-за несовместимости с человеческой формой. Отчаявшись, он решает вернуться в лабораторию, где был создан, чтобы найти способ замедлить распад. Но вместо ответов он находит там запертую капсулу с другим гибридом — девочкой по имени Элис, которую создали как идеальный сосуд для переноса сознания. Она ничего не помнит, но её ДНК идеально синхронизируется с Би. Пока Би пытается защитить её от охотников, он узнаёт, что Элис — ключ к проекту «Возрождение», который курирует та же корпорация, что уничтожила Альтаир. Параллельно Лили, выжившая после взрыва, идёт по следу Би, но её преследуют агенты, считающие, что она заражена вирусом гибридов.
Би и Элис скрываются в мёртвом городе, где когда-то проводились эксперименты над людьми. Элис начинает проявлять способности к эмпатии, считывая эмоции других, и это пугает её саму. Би понимает, что корпорация хочет не просто вернуть её, а использовать как оружие, способное подчинять волю людей. В одной из схваток он теряет руку, но Элис впервые использует свою силу, чтобы спасти его, случайно убив нападавшего. Это ломает её психику — она начинает видеть кошмары, где все, кого она касается, превращаются в пепел. Би вынужден принять тяжёлое решение: либо отдать её учёным, чтобы спасти себя, либо найти способ стереть её память, рискуя убить её окончательно. Лили тем временем выходит на след корпорации и узнаёт, что проект «Возрождение» — это попытка создать расу бессмертных, а Би и Элис — лишь бракованные прототипы. Финальная сцена сезона: Би стоит на крыше разрушенной башни, держа на руках спящую Элис, а внизу армия корпорации окружает здание. Он смотрит на небо, где зависает чёрный дирижабль с логотипом Альтаира, и понимает, что всё это время был лишь пешкой в чужой игре.
