Второй сезон начинается ровно с того момента, где закончился первый. Хината и её друзья, наконец, вернулись в своё время, но радость от встречи с родными оказывается недолгой. Они замечают странные аномалии: погода сходит с ума, люди теряют память о целых днях, а в небе иногда зависают призрачные силуэты зданий, которых не существует. Выясняется, что их путешествие в прошлое не прошло бесследно — они случайно создали временную трещину, которая начала разрастаться, поглощая реальность. Теперь героям предстоит не просто выживать, а найти способ закрыть разрыв, не уничтожив при этом собственную историю. Но главная проблема в том, что трещина притягивает не только обрывки прошлого, но и тёмную сущность, которая хочет использовать её, чтобы переписать всё мироздание под себя.
Параллельно раскрывается тайна происхождения их способностей. Оказывается, дар перемещаться во времени — не случайность, а наследство древнего рода хранителей, которые веками следили за целостностью временной линии. Хината узнаёт, что её бабушка, которую все считали просто чудаковатой старушкой, была одной из них. Теперь девушке предстоит научиться контролировать свою силу, но цена ошибки слишком высока: каждое неверное движение может стереть из реальности целые города или людей. Друзья разделяются: одни пытаются найти союзников среди других хранителей, другие — остановить сущность, которая охотится за трещиной. В финале сезона герои понимают, что единственный способ спасти мир — это пожертвовать самой возможностью путешествовать во времени, навсегда заперев свои способности. Но готовы ли они расстаться с тем, что делает их особенными, и сможет ли Хината простить себя за то, что, возможно, никогда больше не увидит тех, кого спасла в прошлом?