Взрыв на арене разметал остатки надежды на тихую жизнь. Спецвыпуск начинается ровно с того момента, где закончился финал второго сезона. Рин, истекающая кровью, смотрит, как её лучшая подруга Юки превращается в нечто нечеловеческое — её голос больше не звучит, он разрывает реальность на части. Пока правительственные силы в панике стягивают войска к эпицентру катастрофы, а руководство Академии заметает следы, выясняется страшная правда: Юки никогда не была обычной певицей. Она — «Нулевой резонатор», биологическое оружие, созданное для подавления всех звуковых способностей на планете. Её концерт был ловушкой, а предательство оказалось запрограммированным сценарием. Рин приходится бежать не от врагов, а от собственной подруги, чьё тело теперь транслирует смертоносные частоты, стирающие память и личность любого, кто слышит её пение.
Вторая половина спецвыпуска переносит героев в заброшенный подземный комплекс, где хранятся черновики проекта «Ювенильная песня». Здесь Рин находит дневники первой прототипной певицы, которая сошла с ума от одиночества. Параллельно выясняется, что Юки можно спасти, но для этого нужно разорвать её связь с искусственным голосовым чипом, вживлённым в мозг. Операция требует, чтобы Рин спела в унисон с разрушительной песней Юки, рискуя навсегда потерять собственный голос. В финальной сцене, под завывания сирен и грохот рушащихся стен, две девушки стоят друг напротив друга. Одна пытается уничтожить мир, другая — спасти её, не имея ни оружия, ни плана, только дрожащие связки и отчаянную веру в то, что даже самая страшная песня может стать колыбельной, если в неё вложить любовь. Тишина, наступившая после последней ноты, оказывается громче любого взрыва.