Третий сезон начинается с того, что хрупкое перемирие между повстанцами и правительственными силами рушится в считанные часы. После событий второго сезона, когда главный герой ценой невероятных усилий сумел объединить разрозненные фракции военных диссидентов, в игру вступает третья сила — тайная организация «Тень Империи», которая десятилетиями манипулировала обеими сторонами конфликта. Выясняется, что гражданская война была лишь спектаклем, призванным истощить ресурсы страны и подготовить почву для внешнего вторжения. Герой оказывается в ловушке: его собственные соратники начинают подозревать его в предательстве, когда на свет всплывают секретные документы, связывающие его прошлое с верхушкой имперской разведки. Параллельно развивается линия его младшего брата, который, будучи засланным в стан врага, начинает сомневаться в правильности выбранного пути, увидев истинное лицо «Тени» — не просто политических интриганов, а фанатиков, готовых уничтожить целые города ради достижения цели.
Второй акт сезона переносит действие на фронт, где привычные тактические схемы перестают работать. Противник использует психотронное оружие, способное подчинять волю целых батальонов, и герою приходится вступить в союз с бывшим врагом — харизматичным генералом правительственных войск, который сам стал жертвой предательства. Вместе они разрабатывают дерзкий план по проникновению в главный штаб «Тени», расположенный в нейтральных водах на гигантском авианосце. Кульминацией становится штурм этого бастиона, где каждый шаг может оказаться ловушкой, а доверять нельзя никому, даже собственным воспоминаниям. Финал сезона оставляет зрителя на грани нервного срыва: герой узнает, что его настоящая личность была стерта и заменена еще в детстве, и он сам является ключевым элементом плана «Тени» по установлению мирового господства. Последние кадры показывают, как он, стоя на руинах горящего авианосца, смотрит на приближающуюся армаду кораблей вторжения, сжимая в руке детонатор, способный уничтожить все доказательства заговора вместе с ним самим.
