Алиса Лидделл наконец-то вернулась в Оксфорд, но привычный мир рассыпался на осколки. Её воспоминания о первом путешествии в Страну чудес стерты, оставив лишь смутную тревогу и странные сны, где часы текут вспять, а тени живут собственной жизнью. Однако спокойная учёба длится недолго: в реальность начинают просачиваться аномалии. Сначала исчезает время — секунды застывают, превращаясь в тягучий сироп, затем из зеркал вылезают искажённые версии знакомых людей. Алиса находит старую колоду карт, и та начинает пульсировать в такт её сердцебиению. Внезапно её лучший друг Генри, всегда скептически относившийся к её рассказам, исчезает прямо на глазах, оставив на полу лишь игральную карту с изображением Белого Рыцаря. Алиса понимает: Страна чудес не отпустила её. Она зовёт её обратно, и на этот раз отказ невозможен.
Второе путешествие начинается с кошмара. Знакомые луга выжжены, а Шляпник, вместо того чтобы пить чай, собирает армию из сломанных часовых механизмов. Чеширский Кот появляется лишь обрывками фраз, предупреждая о «Той, что стирает имена». Оказывается, после ухода Алисы в Стране чудес наступила эпоха распада: Королева Червей сошла с ума окончательно и теперь не рубит головы, а высасывает цвета из всего живого, превращая мир в монохромный чертёж. Но главный враг — не она. За троном стоит сущность, которую называют «Серая Леди» — олицетворение скуки и забвения, питающаяся воспоминаниями. Она стерла память самой Алисы, чтобы та не смогла найти путь домой. Теперь Алисе предстоит не просто спасти друзей, а собрать по крупицам собственную историю, разбросанную по разным временным слоям. Ей придется заново знакомиться с теми, кого она любила, и принять, что некоторые из них стали чудовищами именно из-за её ухода. Финал второго сезона ставит жестокий выбор: либо Алиса навсегда останется в Стране чудес, став её новым сердцем, либо вернется в реальность, обрекая этот мир на вечную серую тишину.
