В третьем сезоне Алиса Лидделл, уже привыкшая к абсурду Страны чудес, сталкивается с новой угрозой — временной аномалией, которая разрывает реальность на куски. Белый Кролик, всегда спешащий, начинает исчезать на несколько секунд, а Чеширский Кот теряет способность растворяться в воздухе, застывая полупрозрачным призраком. Оказывается, что часы Старого Шляпника, которые он чинил веками, сломались окончательно, и теперь время в Стране чудес течет в обратную сторону, стирая воспоминания жителей. Алисе предстоит отправиться в самое сердце временной воронки — Забытый Сад, где растут часы-цветы, питающиеся минутами. Там она встречает загадочную девочку по имени Тик-Так, которая утверждает, что она — потерянное мгновение из детства самой Алисы, и что только объединив прошлое с настоящим можно починить ход времени.
Но по мере путешествия Алиса понимает, что сломанные часы — лишь прикрытие. Настоящий виновник — Королева Червей, которая устала от бесконечного хаоса и решила переписать историю Страны чудес, создав идеальный, статичный мир без сюрпризов и безумных чаепитий. Она похищает Шляпника, чтобы использовать его разум как механизм для вечного застывания времени. Алиса, вместе с Мартовским Зайцем и Соней, проникает в замок Королевы, где каждый зал — это застывшая секунда из разных эпох. В финале выясняется, что Тик-Так — это не просто воспоминание, а часть души Алисы, которую она оставила в Стране чудес в детстве, и чтобы спасти мир, ей придется пожертвовать своей связью с реальностью. Алиса принимает решение остаться в Стране чудес навсегда, став новым Хранителем Времени, но перед этим она успевает запустить часы заново, подарив жителям не вечный порядок, а вечное движение и безумие, которое они так любят.
