Тридцать лет прошло с тех пор, как Токийский-3 превратился в арену бесконечной битвы. Мир, который помнит Второй удар, наконец-то обрёл шаткое равновесие. NERV расформирован, Евангелионы законсервированы, а выжившие пилоты разбрелись по своим жизням. Синдзи Икари, так и не сумевший до конца примириться с призраками прошлого, работает простым смотрителем на полузаброшенной геотермальной станции в горах. Аска Лэнгли, оставившая позывной Второго Дитя, преподаёт психологию в университете Киото, пытаясь анализировать травмы других, чтобы не думать о своих. Рей Аянами, чьё существование всегда было окутано тайной, исчезла сразу после финальной битвы, оставив после себя лишь пустую капсулу в секретном отделе MAGI. Казалось, эпоха ангелов и гигантских биороботов стала лишь мрачной страницей учебников истории.
Но тишину нарушает необъяснимый сбой. В день тридцатилетия Третьего удара по всему миру начинают пропадать люди — не умирая, а буквально исчезая из реальности, оставляя после себя лишь слабый люминесцентный след. Сигнал бедствия, закодированный в древних свитках Мёртвого моря, приводит Синдзи и Аску на заброшенную базу в Антарктиде. Там, в вечной мерзлоте, они находят нечто, что не должно было существовать: законсервированную копирующую систему LCL, активированную неизвестным паттерном души. Выясняется, что Рей, пожертвовав собой, оставила в системе «якорь» — фрагмент своего сознания, способный удерживать реальность от коллапса. Но сейчас этот якорь ржавеет. Чтобы спасти исчезающих людей и не дать миру вновь скатиться в хаос, Синдзи придётся в последний раз синхронизироваться с Евой, которую он поклялся больше никогда не пилотировать. Только на этот раз его противник — не ангел, а энтропия времени и собственное нежелание простить себя за ошибки юности. Специальный памятный показ — это не пересказ старой истории, а её горькое, но необходимое послесловие.
