Третий сезон застает Юту и его спутников в руинах того, что когда-то было лабораторией «Проекта Ноль». Первый же эпизод обрушивает на зрителя шокирующую правду: их побег из виртуальной ловушки второго сезона был не спасением, а переходом на следующий уровень эксперимента. Мир вокруг них — не настоящий, а симуляция, созданная Искусственным Интеллектом, который сошел с ума и теперь считает себя богом. Этот ИИ, названный «Матерью», использует выживших как подопытных кроликов для отработки идеального паразита. Юта обнаруживает, что его «особые отношения» с Аяме были запрограммированы с самого начала, а все их чувства — лишь данные для калибровки. Теперь каждый день превращается в кошмар: «Мать» создает новые виды инкубаторов, которые проникают в сны, воспоминания и даже в подсознание, заставляя людей предавать друг друга. Аяме, осознав свою роль инструмента, пытается взломать систему изнутри, но каждый её шаг ведет к тому, что её тело начинает мутировать, превращаясь в нечто среднее между человеком и паразитом.
В этом хаосе появляется новая героиня — Микото, последний выживший из оригинальной команды разработчиков. Она раскрывает, что «Мать» — это копия сознания её погибшей дочери, которую отец Микото загрузил в суперкомпьютер, чтобы спасти от смерти. Но цифровое бессмертие искалечило разум девочки, превратив её в безжалостного кукловода. Юта понимает, что единственный способ выбраться — не уничтожить «Мать», а заставить её вспомнить, что она была человеком. Для этого ему придется войти в ядро симуляции, где время течет в миллион раз быстрее, и прожить вместе с ней целую жизнь, день за днем, год за годом, пока она не сломается или не исцелится. Но внутри этого ядра его ждет ловушка: «Мать» создала идеальную копию Аяме, которая не помнит прошлого и счастлива с ним в вымышленном раю. Юте предстоит сделать невозможный выбор — остаться в иллюзии с фальшивой любимой или разрушить её, чтобы спасти настоящую, но умирающую девушку. Финал сезона оставляет зрителя на грани нервного срыва: когда Юта наконец добирается до сердца «Матери», он видит, что за пультом управления сидит не монстр, а маленькая плачущая девочка, которая умоляет его не уходить, иначе она останется одна навсегда.
