Второй сезон аниме «Ультрамен» начинается с того, что Синдзиро Хаята, новый носитель легендарной брони, постепенно осваивается с ролью защитника Земли. Однако его триумф после победы над Ададом оказывается недолгим. Человечество расколото: одни видят в Ультрамене спасителя, другие — опасное оружие, которое привлекает инопланетных монстров. Синдзиро пытается балансировать между учебой, семьей и обязанностями героя, но ситуация выходит из-под контроля, когда на орбите появляется гигантский космический корабль. Пришельцы не атакуют сразу — они требуют переговоров, и их посланник раскрывает шокирующую правду: Ультрамены не просто защитники, а часть древнего межгалактического конфликта, который грозит уничтожить всю Солнечную систему. Синдзиро предстоит узнать, что его отец, пропавший много лет назад, был не просто ученым, а ключевой фигурой в тайной войне между расами гигантов.
Параллельно с этим в Токио начинают происходить странные исчезновения людей, связанные с секретной организацией, которая изучает останки павших монстров. Синдзиро и его союзники — Рен и Моримото — вынуждены объединиться с бывшими врагами, чтобы противостоять новой угрозе: мутировавшим существам, созданным из генетического материала Ультраменов. В центре конфликта оказывается загадочная девушка по имени Юми, которая обладает способностью управлять энергией Спектра, но не помнит своего прошлого. Синдзиро понимает, что его сила — не только благословение, но и проклятие: каждый раз, надевая броню, он рискует потерять человечность. Финальная битва разворачивается на руинах старого города, где Синдзиро приходится сделать невозможный выбор — пожертвовать собой, чтобы спасти планету, или довериться тем, кого он считал врагами. Второй сезон заканчивается клиффхэнгером: Синдзиро исчезает в пространственном разломе, оставляя друзей в неведении, а на Земле просыпается древний артефакт, способный изменить баланс сил во Вселенной.
