Тихий приморский городок Огавара живет размеренной жизнью, пока однажды из глубин океана не поднимается нечто. Это не просто цунами или землетрясение — из воды выходит он, Гаменя. Огромная, неуклюжая, покрытая слизью и водорослями черепаха с глазами, полными древней тоски. Она не рычит и не крушит все подряд целенаправленно. Гаменя просто идет. Она переваливается через порт, давит рыбацкие лодки, задевает панцирем линии электропередач и, кажется, даже не замечает паники внизу. Местные жители в ужасе, силы самообороны готовят танки, а телевидение с упоением транслирует «Великого монстра Гаменю». Но чем дольше длится нашествие, тем страннее оно кажется. Гаменя не ест людей и не испепеляет все лазером. Она упорно движется к центру города, словно ведомая неведомым инстинктом, оставляя за собой не руины, а скорее мокрые следы и запах тины. Военные снаряды отскакивают от ее панциря, но она даже не злится. Она просто стонет — низко, протяжно, как сирена тумана.
Вся эта катавасия происходит на глазах у Кэнты, школьника, который больше всего на свете боится, что его единственный друг, старик-отшельник по прозвищу Дзюбэй, потеряет свой маленький домик на холме. Именно к этому холму, как выясняется, и ползет Гаменя. Пока ученые ломают головы, а генералы предлагают сбросить бомбу, Кэнта замечает странную закономерность: монстр останавливается и затихает каждый раз, когда слышит звук старого колокола из храма, или когда ветер доносит запах жареных сладких бататов. Дзюбэй, который когда-то работал смотрителем маяка, вдруг понимает: Гаменя не разрушитель. Она — живое ископаемое, последняя из своего вида, которая десятилетиями спала на глубине. Ее разбудило не зло, а одиночество и какая-то древняя, почти стертая память о том, что когда-то на этом месте было море, а на холме — ее лежбище. Она ищет дом, которого больше нет. И теперь, чтобы спасти город от неминуемого уничтожения военными, Кэнте и Дзюбэю нужно не сражаться с чудовищем, а объяснить ему, что мир изменился, и помочь гигантской черепахе найти покой, прежде чем истерика людей не превратила ее в настоящего монстра.