Город Осака погружается в хаос, когда из глубин океана поднимается Гамера — древний страж, пробуждённый аномальной сейсмической активностью. Его появление совпадает с атакой Кодзамеры, молодого и агрессивного кайдзю, чья плоть светится биолюминесцентными узорами. В отличие от массивного и бронированного Гамеры, Кодзамера быстр, словно ртуть, и способен расщеплять своё тело на рои микроскопических существ, проникающих в инфраструктуру города. Первая битва на побережье заканчивается ничьей: Гамера сдерживает врага, но его плазменные лучи лишь замедляют регенерацию противника. Учёные из Института бионики замечают странную закономерность — Кодзамера питается не энергией, а страхом. Чем больше паники сеет монстр, тем быстрее растут его размеры и сила.
Правительство решает использовать экспериментальное оружие, подавляющее нейронные связи кайдзю, но операция проваливается. Кодзамера, предчувствуя угрозу, уходит под землю и атакует метро, вызывая массовые жертвы. Гамера, ведомый инстинктами защитника, вступает в решающую схватку в промышленном районе. В ходе боя выясняется, что Кодзамера — не природное создание, а мутировавший образец древнего паразита, которого когда-то запечатала цивилизация предков. Гамера, теряя силы, понимает: победить можно, только если лишить врага источника страха. Он использует свой панцирь как резонатор, создавая ультразвуковую волну, которая успокаивает жителей города. Лишённый подпитки, Кодзамера слабеет, но в ярости пробивает Гамере грудь. Умирая, страж вонзает в него свой шипастый хвост, активируя ядерный синтез. Взрыв уничтожает обоих, оставляя лишь обугленный панцирь Гамеры на руинах. Спустя месяц из трещины в панцире выползает крошечная черепаха — новый цикл жизни стража начинается заново.
