Море в коробке — это не просто название, а буквальное описание мира, в котором живет семнадцатилетний Харуки. После Великого Высыхания, уничтожившего все океаны планеты, человечество выживает в герметичных городах-куполах. Воду здесь синтезируют из воздуха, а единственное напоминание о морях — это «коробки»: виртуальные симуляторы, где можно заплатить за иллюзию соленого бриза и бескрайней синевы. Харуки работает курьером, развозящим эти коробки, и ненавидит свою работу, пока однажды не получает заказ от странной девушки по имени Нами. Она живет в запретной зоне старого города, где техника сходит с ума, и просит не стандартную голограмму, а настоящую коробку с «живым» морем — артефакт из прошлого, который, по слухам, способен вернуть воду в мир.
Вместе с Нами Харуки вскрывает тайну, которую правительство купола скрывало десятилетиями: Великое Высыхание не было природной катастрофой. Океаны исчезли из-за экспериментальной технологии, превратившей воду в стабильную плазму, запертую в подземных резервуарах. Коробки, которые Харуки развозил, оказались не симуляторами, а порталами-ключами к этим хранилищам. Каждая проданная коробка высасывала последние капли из реального моря, превращая мечту людей в бизнес на иллюзиях. Теперь, чтобы запустить цепную реакцию возвращения воды, нужно взломать главный сервер купола, но для этого придется пожертвовать последним живым существом, которое помнит океан — гигантским китом, спящим в сердце города. Харуки понимает, что спасти мир можно только утопив его вновь, и что цена за синее небо — это затопление всего, что они знали.
