Токийский район Акихабара, мировая столица отаку-культуры, перестал существовать. Не в переносном смысле, а в самом буквальном — гигантская пространственная аномалия, названная «Бездной», поглотила квартал вместе со всеми его обитателями, магазинами электроники и святилищами аниме. Пять лет спустя на руинах, огороженных колючей проволокой, вырос новый город — «Новая Акиба». Это стерильный, ультрасовременный мегаполис, где правит корпорация «Нексус», а любое упоминание о старой культуре отаку считается уголовным преступлением. Косплей, фигурки, манга — всё это объявлено «дегенеративным мусором», а его фанаты подвергаются преследованию и «перевоспитанию». В этом мире живёт Кэнтаро, обычный парень, который ничего не помнит о дне Падения. Он работает курьером и однажды получает странную посылку с допотопным игровым картриджем для приставки «Сатюрн». Внутри — недоделанная визуальная новелла «Эпоха Героев», которую, по слухам, создал гениальный программист, исчезнувший в Бездне.
Запустив игру, Кэнтаро с ужасом обнаруживает, что она не просто работает на его допотопном ноутбуке — она начинает переписывать реальность. Пиксельные спрайты оживают, а глюки в коде материализуются в виде цифровых монстров, пожирающих городскую инфраструктуру. Вскоре на Кэнтаро выходит подпольная группировка «Ренегаты» — последние отаку, живущие в катакомбах под Новой Акибой. Они утверждают, что Падение Акибы не было природным катаклизмом. Это был цифровой апокалипсис, вызванный ошибкой в той самой игре, которую кто-то запустил в день катастрофы. Теперь «Нексус» использует технологии «Новой Акибы», чтобы выкачивать из Бездны энергию, но вместе с ней наружу прорываются баги, превращающие людей в бездушных аватаров. Кэнтаро, сам того не желая, становится ключом к исправлению ошибки. Он должен пройти все уровни «Эпохи Героев», чтобы добраться до финального босса — цифрового призрака создателя игры, который заперт в ядре Бездны. Но каждый пройденный этап стирает часть его воспоминаний, превращая его самого в глюк реальности, а на улицах города начинают происходить вещи, которые невозможно объяснить логикой: из вентиляций вылезают 8-битные драконы, а неоновые вывески складываются в проклятые заклинания.
