Второй сезон «Классикалоида» начинается там, где закончился первый, но атмосфера неуловимо меняется. Кадзуки и его друзья уже освоились с тем, что музыка великих композиторов обладает магической силой, способной как созидать, так и разрушать. Однако спокойная жизнь в музыкальной академии длится недолго. В мире начинают происходить странные аномалии: произведения Баха вызывают временные петли, сонаты Бетховена материализуют агрессивных големов из нотных станов, а этюды Шопена искажают реальность целых городов. Выясняется, что источник хаоса — не просто сбой в системе «Классикалоидов», а некая древняя сущность, спящая в «Нулевой партитуре» — утраченном произведении, которое, по легенде, предшествовало самой музыке. Эта сущность, именуемая «Диссонанс», питается эмоциями исполнителей и стремится стереть грань между звуком и тишиной, превратив мир в бесконечную какофонию.
Героям предстоит отправиться в путешествие по музыкальным эпохам, буквально перемещаясь внутрь партитур. Кадзуки, чья связь с фортепиано становится всё глубже и опаснее, начинает слышать голоса самих композиторов, которые предупреждают его о цене, которую придется заплатить за использование высшей гармонии. В то же время в академию поступает загадочная скрипачка Алиса, которая играет безупречно, но её музыка лишена души. Она оказывается аватаром Диссонанса, посланным, чтобы соблазнить музыкантов идеей абсолютного совершенства, лишённого человеческих чувств. В финале Кадзуки понимает, что победить хаос можно не безупречной игрой, а принятием несовершенства — фальшивых нот, сбившегося ритма и искренних эмоций. Ему придётся сыграть дуэт с Алисой, вложив в каждую клавишу не только мастерство, но и боль, радость и память о друзьях, чтобы превратить Диссонанс из разрушительной силы в источник новой, живой музыки.
